Если проблема только с искрой, значит блок управления двигателем ECM, вы правильно запитали на M-Unit, и инжекторы работают.
Управление катушками и свечами осуществляется ECM. Если вы не резали провода от ECM к катушкам, значит должна быть искра.
Проверьте питание оранжево-белый от катушек. И желто-зеленый в ECM - он дает команду в ЕСМ при включении стартера, что выполнены все условия запуска, и на нем должно быть питание.
А насос вы подключили без реле, через программируемый aux? Почему насос работает, а зажигание нет?
ИМХО, такие билды лучше делать последовательно. Сначала вырезать из оригинальной проводки все провода элементов, без которых двигатель должен работать, и которые заменяются M-Unit:
- Всех оптических приборов.
- Сигнала.
- Датчиков тормоза.
- Датчиков сцепления и бокового упора.
- Замка зажигания (запитать нужные провода).
- Пультов левого и правого.
Уже без этих проводов косы будут тоньше, а двигатель будет работать. Далее переподключить на M-unit стартер, топливный насос и питание всех потребителей (убрать предохранители). Станет еще меньше проводов.
Далее желательно сделать оптимизацию: укоротить оригинальные провода и косы везде, где получается. Это можно сделать, потому что проводов станет намного меньше, а косы сильно тоньше.
Самые толстые провода - это провода питания, которые проходят через все "включатели" к потребителям. Так устроены "последовательные" электрические системы мотоциклов. С M-Unit будет централизованная электрическая сеть, в которой намного меньше проводов.
В завершении уже подключить оптику, датчики, сигнал, пульты. Провода можно проложить как в оригинальной косе, так и отдельно.
Но самая оптимальная электрическая сеть мотоцикла получится, если все отрезать и собрать заново. На первый взгляд страшно, но практика показывает, что если делать последовательно - все равно прийдется разобраться в схеме и проделать еще больше работы по оптимизации (подрезать, перекладывать, пересобирать).